是的，企業(yè)可以聯(lián)合申報國家重點研發(fā)計劃，并且在某些情況下，還會鼓勵不同單位之間(如企業(yè)、高校、科研機構等)進行合作共同申報項目。例如，“東南特色橡塑產業(yè)提質增效循環(huán)經濟集成技術及示范”項目就是由中國皮革和制鞋工業(yè)研究院(晉江)有限分公司、匹克(中國)有限公司、泉州海天材料科技股份有限公司、福建鎧彥高分子新材料有限公司等企業(yè)聯(lián)合申報的，并獲得批準立項。

此外，還有通知指出，在“戰(zhàn)略性科技創(chuàng)新合作”重點專項中，鼓勵由高等院校、科研機構、行業(yè)協(xié)會和上下游龍頭企業(yè)組成的產學研用團隊共同開展技術攻關。這表明國家支持并促進各方資源的整合，以推動技術創(chuàng)新和發(fā)展。

因此，企業(yè)不僅能夠聯(lián)合申報國家重點研發(fā)計劃，而且這種跨單位的合作還被視為提高項目創(chuàng)新能力和成果轉化效率的重要方式。