申報上海市科技小巨人企業(yè)需要準備以下材料：

1、企業(yè)營業(yè)執(zhí)照：提供復印件。

2、高新技術企業(yè)資格證書：提供有效期內(nèi)的復印件。

3、財務審計報告：提供近三個會計年度的原件，并需上傳。

4、知識產(chǎn)權(quán)證明材料：包括專利、軟件著作權(quán)、集成電路布圖設計等。

5、其他相關材料：根據(jù)具體申報指南的要求準備。

此外，還需要在線選擇一家具有本市科技計劃項目經(jīng)費審計資格的會計師事務所實施專項審計工作。

請注意，具體的申報材料可能會根據(jù)每年的申報指南有所不同，因此在申報前應仔細閱讀最新的申報指南和相關通知。